从事结核病诊断、鉴别诊断及治疗三十余年，积累了丰富的临床经验，尤其对抗结核药物引起的不良反应的处理、耐药结核病的诊疗、特殊人群(如生物制剂应用患者、器官移植、血液病患者)合并结核感染的诊治。
参加并主持多种抗结核新药国际、国内多中心研究以及多种诊断试剂的临床验证工作;近年高孟秋主任作为PI主持了德拉马尼上市研究及贝达喹啉及德拉马尼的上市后研究，作为中盖项目“新药引入和保护机制的项目”专家组长，指导全国98家医院贝达喹啉的上市后应用;主持多种结核病诊断试剂的临床验证，并获得国家药监局批准文号;获北京市科委及北京市卫生计生委科技推广项目资助，在北京市推广IGRs诊断技术在结核病的应用，培训人次近千人，极大的推动了IGRAs技术在临床的正确应用，提高了综合医院筛查、诊断结核病的能力。