尚剑教授长期致力于冠状病毒入侵细胞机制的研究，通过系统性研究冠状病毒刺突（spike，S）蛋白结构、功能及构象变化，揭示S蛋白介导其入侵细胞的分子机制。新冠疫情爆发期间，最早解析了SARS-CoV-2受体结合域（RBD）与人ACE2复合物的晶体结构，从原子层面解释并证明了SARS-CoV-2 RBD结合人ACE2强于SARS-CoV RBD的原因；找出了受体识别中的关键氨基酸位点；同时也指出了SARS-CoV-2从蝙蝠到人跨物种传播的可能性。最后，阐明了SARS-CoV-2的入侵，传播及免疫逃逸机制。为疫苗设计以及治疗性抗体筛选提供了参考价值。