崔大祥研究方向为：纳米材料的制备、生物学效应与安全性评价；基于纳米粒子标记与纳米效应的肿瘤早期诊断系统与传感器的研制；多功能纳米探针与肿瘤的分子影像；胃癌相关的基因与蛋白质的结构与功能研究；基于纳米技术的CIK与干细胞治疗；高效基因或药物递送系统。