参与国家973计划项目课题，2012CB316502、新一代转录组数据处理与网络集成分析的理论与方法、2012/01-2016/09、450万元、已结题；主持国家自然科学基金面上，61272318，蛋白质结构模体识别及结构预测算法研究，2012/01-2016/12，80万，已结题；主持国家自然科学基金青年基金，30800168，基于随机图的蛋白质三级结构预测研究，2008/01-2012/12，20万，已结题；国家自然科学基金重大项目子课题负责人，非规范知识处理的关键技术研究， 60496320，2005/01-2009/12, 120万，已结题；参与国家973计划项目子课题，2003CB71590，基因功能预测的生物信息学理论与应用，2003.1-2007.12，已结题。