长期从事病原微生物相关的生物信息学研究，重点聚焦于病原细菌毒力因子的遗传多样性特征这一关键科学问题。通过大数据整合与挖掘，推出通用分类方案，开发毒力因子在线识别系统和卷积神经网络分类模型，成功建立国际上最大的病原细菌毒力因子数据平台，并揭示了细菌细胞外可伸缩注射系统和毒素复合体等多种毒力因子的物种分布、进化分型和毒力结构域等特征。近年来主持承担国家973计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金、和梅琳达•盖茨基金会等多项科研项目。已作为第一或通讯作者（含并列）发表SCI论文30篇，影响因子合计超过200，截至目前累计被同行引用3,200余次，以此30篇论文计算的H-index指数为19。其中，病原细菌毒力因子数据平台相关三篇论文位列ESI高被引论文，一篇入选“2019年中国百篇最具影响国际学术论文”，另有两篇其他研究论文获得F1000推荐。2009年入选北京市科技新星计划（A类），2011年入选协和新星。