学术造诣深厚，主要致力于内分泌科临床工作和糖尿病分子遗传学的研究。荣获多项国家自然科学基金支持，并担任国家重大科研项目包括973、863及北京市科委重大课题的首席科学家，在国际顶级杂志上发表论文百余篇，编写学术论著数十部。曾两次获国家科技进步二等奖( 分别为第二和第三获奖人)，中华医学奖（第二完成人），卫生部优秀中青年临床医学奖，中华医学基金会（纽约）杰出青年学者奖, 国家优秀科技工作者称号。在国内外学术界具有很大的影响力和号召力，享有很高的声誉。世界顶级杂志《柳叶刀》长篇幅刊登了对纪立农教授的人物专访，赞扬了他致力于糖尿病领域所取得的学术成就。 纪立农教授积极投身于国民公共健康管理及促进行业的发展。参与和开创了许多大型的针对公众和专业人员的教育项目，如“中国糖化血红蛋白教育项目”，“知名糖尿病专家进社区”，“HOPE基金会糖尿病教员培训项目”，“中国糖尿病综合管理项目”，和“蓝光行动”，“糖尿病标准化诊疗中心”，“北京大学糖尿病论坛”等。这些项目在提高专业人员的疾病防治能力和公众对糖尿病的防控意识方面起到了积极的促进作用。