徐鹏教授主要从事水产动物基因组资源开发、遗传工具构建和重要经济性状的基因组解析研究，以及主要水产动物的基因组辅助育种研究，聚焦在鱼类基因组资源开发、遗传工具构建、重要性状遗传基础解析、鱼类极端环境的基因组适应性计划机制等方面。先后主持科技部863重点项目课题、公益性行业（农业）科研专项课题和自然科学基金优秀青年基金项目在内的多项国家级项目。已经在Nature Genetics，Nature Communication, Molecular Biology and Evolution, BMC Genomics、Genome Biology等刊物上发表研究论文120余篇，其中SCI收录论文90余篇，主编学术专著1部，参编英文专著3部和中文专著1部。论文已经累计被引用2400余次，H指数为30。