研究方向主要包括海洋微生物时空分布格局、微生物环境适应机制及其与元素循环的关系、宿主-病毒（尤其是藻病毒）相互作用及其生态效应等，旨在通过多组学手段和生物信息学挖掘研究海洋微生物对气候变化的响应和反馈机制。侯博士在The ISME J, PNAS, Environ Microbial, RNA Biol等国际高水平期刊已发表论文20余篇。担任Frontiers in Microbiology 客座编辑和Frontiers in Marine Science审稿编辑，也是Nature Microbiology, The ISME J, Microbiome, Nature Communications等杂志审稿人。