吴正治院士主要从事中西医结合老年病精准诊疗防治研究，擅长中西医结合诊治老年认知障碍、脑血管病、帕金森病、顽固性头痛、睡眠障碍等疾病。发表学术论文330余篇，总影响因子713.273分；申请获得国内外技术发明专利300余项，培养博士后、博士等高层次专业技术人才60余名；主编出版《老年神经病学》、《中医药膳学》等高等医药院校老年医学教材和专业学术著作48部，先后获得国家教委自然科学一等奖、中国中西医结合科学技术一等奖等科技成果奖28项，并获国家教委推荐国家自然科学一等奖。