曾获Searle Scholar （1994）和 Leukemia and Lymphoma Society Scholar（1997）、武汉大学杰出校友（2003）、Ray Wu Society终身成就奖（2016）和柏林墙2020年度创新科学突破奖（2020）。2010年入选美国科学促进会成员（AAAS Fellow）。
付向东博士在国际上率先报道了一类同时参与组成型和选择型pre-mRNA加工的SR蛋白家族，并证明这类RNA结合蛋白特异的促进pre-mRNA被RNA剪接体识别。付向东实验室还发现了SR蛋白特异性激酶家族，证明这些激酶在转导细胞内外信号以调节细胞核中可变剪接中的重要作用。付向东长期专注于编码和非编码RNA的调控机制的研究，阐明其在发育和疾病中的作用，创新性开发了多项技术，用于高通量分析发育和疾病中基因表达、mRNA亚型和基因组互作。他们最新的突破性研究，开辟了一种从非神经元细胞转化生成功能性神经元的新策略，用以替代神经退化过程中丢失的神经元，从而有效逆转帕金森症模型的疾病表型。接下来的研究中，实验室将继续关注RNA生物学及神经再生领域，致力于发育和疾病中RNA调节机制的探索，通过分子生物学、分子遗传学、生物化学，基因组学，动物行为学、电生理学等多种实验手段对疾病机理与干预展开研究。付向东欢迎有能力有志向的学生和博后加入他的团队，一起攻克几个RNA生物学和再生医学中的关键科学问题，将基础科学的发现转化成疾病治疗的新策略。