杨健教授长期从事极化理论和极化SAR应用的研究，曾提出了雷达目标的共零点、等功率曲线、等相位曲线、散射矩阵的旋转周期和准周期、广义相对最优极化、目标的相似性参数等多个概念，建立了关于最优极化和相对最优极化的新模型并给出相应的求解方法，给出了新的目标分解方法，提出了一系列基于极化SAR的目标检测和目标分类算法。

杨健教授曾参与我国2颗卫星搭载合成孔径雷达的系统参数设计的论证，为我国高分三号卫星上的合成孔径雷达的主用户等（海洋局、国家减灾中心、中科院电子所）研制了多个软件模块。他还负责研制开发了基于GPGPU的极化合成孔径雷达快速成像系统，目前这一系统正应用于中电集团38所。此外，他还负责和参与了我国“高分辨对地观测重大专项”的多个课题研究。

杨健教授还在导弹精确制导与精确打击方面做出了重要贡献，主持了军科委、总装预研、火箭军预研、航天科技基金等多个项目，并参与了我国某2个型号导弹精确制导与精确打击的研究工作，提供了多种核心算法。