从事自闭症、瑞特综合征等发育性神经系统疾病的生物学研究，研究成果阐述了自闭症等神经发育疾病的分子、环路机制，并建立了自闭症的非人灵长类动物模型。在Nature, Developmental Cell, Molecular Psychiatry, Autophagy, Current Opinion in Neurobiology等国际生物学权威期刊上发表研究论文与应邀综述十余篇，引用1800余次。自闭症的非人灵长类动物模型工作入选科技部2016年“中国科学十大进展”，中国科协2016年“中国生命科学十大进展”。

长期受中科院、科技部、国家基金委等项目资助。仇子龙研究员于2016年获中科院上海分院杰出青年科技创新人才奖，2016年获国家基金委“杰出青年”科学基金，2017年获药明康德生命化学研究奖，2018年入选科技部“中青年科技创新领军人才”，2019年入选中组部“万人计划“与上海市优秀学术带头人，2021年获得中国神经科学学会“张香桐青年科学家奖”。